在北大当年的毕业摄影中，校长蔡元培与文科学长陈独秀总是坐在一起1919年4月，北京大学提前实行教务长制，取消文理科学长，新文化主将陈独秀因此基本脱离北大。蔡元培决定将陈独秀撤职的经过，胡适十六年后在致汤尔和的信中回忆：
三月廿六夜之会上，蔡先生颇不愿于那时去独秀，先生(指汤尔和)力言其私德太坏，彼时蔡先生还是进德会的提倡者，故颇为尊议所动。我当时所诧怪者，当时小报所记，道路所传，都是无稽之谈，而学界领袖乃视为事实，视为铁证，岂不可怪？嫖妓是独秀与浮筠都干的事，而“挖伤某妓之下体”是谁见来？及今思之，岂值一噱？当时外人借私行为攻击独秀，明明是攻击北大的新思潮的几个领袖的一种手段，而先生们亦不能把私行为与公行为分开，适堕奸人术中了。
胡适感叹蔡元培和汤尔和不免“狭隘”，汤尔和的回信也称“以陈君当年之浪漫行为置之大学，终嫌不类，此乃弟之头巾见解，迄今犹自以为不谬”。如此说来，蔡元培竟是完全因为小报宣扬、汤尔和举报的陈独秀“私德太坏”而撤去文科学长，这未免让人有点难以相信。
陈独秀喜欢逛窑子，新老朋友大约没有不知道的。陈独秀来北大任文科学长，是由汤尔和推荐，蔡元培力邀，而且答允陈将《新青年》“带到北大来办”。彼时彼地，完全不涉及“浪漫行为置之大学”、“私德太坏”的问题，难道陈独秀的私德，是在这一年多时间内变坏的么？
蔡元培到北大一年后，重新发起了民国元年吴稚晖、李石曾、汪精卫等组织的“进德会”。进德会的设置有多重含义。蔡元培非常重视这个组织，他甚至向进德会的两名发起者吴稚晖、汪精卫发出来北大任教的邀请，意在“延聘学生之模范人物，以整饬学风”，或“以真正之国粹，唤以青年之精神”。
蔡元培本人持身方正，故甲种会员即要求“不嫖、不赌、不娶妾”。在蔡的号召下，北大多数教员都参加进德会，陈独秀亦不例外，加入为甲种会员。进德会成立后，果然产生了宣传的效果，“颇惹时人之注意，不特京沪各报曾转载宣言书而评论之”，连东京《日支时论》都将宣言译出，并加引言表示敬佩之意。
但从胡适信中可知“嫖妓是独秀与浮筠都干的事”，浮筠即北大理科学长夏元瑮。北京大学两位学长都热衷此道，进德会规条约束力如何，可想而知。
(顺便插一句，蔡元培本人是乙种会员，即在甲种会员规条之外，另加“不作官吏、议员”两条。蔡元培说这是为了“教育者专门之业学问者，终身之事委身学校，而索情阁院用志不纷之谓”，用现在的话说，就是拒绝大学行政化。)
进德会规条束缚不了教员，蔡元培也只好听之任之。就在辞退陈独秀的八、九天之前，蔡元培还在答林纾的公开信中宣称：“嫖、赌、娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾、狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。”如果蔡元培要以私德规范教员，早就可以出手，为什么要等到这时才展现“头巾见解”？
傅斯年的回忆提供了另一种说法：“北洋政府对蔡先生大施压力与恫吓……有一天晚上，蔡先生在他当时的一个谋客家中谈此事，还有一个谋客也在。当时蔡先生有此两谋客，专商量如何对北洋政府的。其中那个老谋客说了无穷的话，劝蔡先生解陈独秀先生之聘，并要约制胡适之先生一下，其理由无非是要保存机关、保存北方读书人一类似是而非之谈。”(《我所景仰的蔡先生之风格》)“谋客”应指汤尔和与沈尹默。虽然傅斯年称蔡元培拒绝了汤尔和的建议，但从后来事实的发展来看，蔡元培至少部分接受了这个办法。北洋政府显然不会因为陈独秀“私德太坏”而给予北京大学压力，只有从新旧论争波及北大的角度才能理解蔡元培这一举动。
1919年3月，议员张元奇持《新青年》、《新潮》两种刊物往教育部，以“实为纲常名教之罪人”为由，要求取缔这两种刊物，否则“将由新国会提出弹劾教育总长案，并弹劾大学校长蔡元培氏”，“而尤集矢于陈独秀”。之后，大总统徐世昌数次约见教育总长傅增湘和蔡元培等人，“磋商调和新旧两派冲突之法”。傅增湘于3月26日奉徐世昌嘱致函蔡元培，称“自《新潮》出版，辇下耆宿，对于在事员生不无微词”，“乃在因批评而起辨难，因辨难而涉意气，倘稍逾学术范围之外，将益启党派新旧之争，此则不能不引为隐忧耳”。傅增湘还针对《新潮》的激进态度指出：“凡事过于锐进，或大反乎恒情之所习，未有不立蹶者。”傅斯年代蔡元培撰写的答信，同样强调“局外人每于大学内情有误会之处，然若持《新潮》、《国故》两相比拟，则知大学中笃念往昔，为匡掖废坠之计，实亦不弱于外间耆贤也”，并承诺“勉励诸生，为学问之竞进，不为逾越轨物之行也。”傅增湘的措辞虽然客气，隐含的压力其实甚大。蔡元培纵然先表示教员学生从事政治活动“不必牵涉学校”，后又声称“北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干”，却难以阻挡当局和舆论联手对北京大学施加的压力，他曾经对人表示：“如其他们竟以无道行之，则等他下‘上谕’革职。到那时候，当将两年来办学之情形和革职的理由撰写成英、法、德文，通知世界各国。”预想到这步田地，可见当时局势之严重。驱逐陈胡等教授，解散北京大学，虽然不过是“谣言”，但揆诸情势，“也许那谣言竟有实现的可能，假如不是‘五四运动’的发生”。
作为对陈独秀的补偿，蔡元培仍聘其为教授，并给假一年。汤尔和日记中记载4月11日“途中遇陈仲甫，面色灰败，自北而南，以怒目视”，反映出陈独秀对校方的决定甚为不满，不过陈始终未在公开场合对北大有任何微词，看来他也能够理解蔡元培的苦衷。
胡适与傅斯年对此事记述的歧异，似乎可以理解为：蔡元培迫于内外压力，不得不作出妥协，但是他不愿北京大学独立办学的形象受到破坏，也不愿陈独秀的去职被看作北京大学对新文化的压制，故以陈独秀个人行为与进德会规条相违背为借口，给校内校外一个可以接受的解释。陈独秀去职之后，蔡元培仍然可以继续他对新文化运动的支持。胡适指责蔡元培“不能把私行为和公行为分开”，却不知以“私行为”为依据行此举，比“公行为”的社会影响要小得多，这也是汤尔和“保存机关、保存北方读书人”的用意所在。我认为，汤尔和作为陈独秀入北大的推荐人，对个中原由应该非常清楚，他面对胡适的责难，其实有所暗示：“又弟意当时陈君若非分道扬镳，则以后接二连三之极大刺激，兄等自由主义之立场能否不生动摇，亦属疑问。但此义料兄必不承认也。至如造孽一层，亦正难说。”明显陈独秀去职有丢卒保车之意。
陈独秀离开北大，对新文化运动的打击不言而喻，4月7日汪孟邹致函胡适：“仲甫去职，已得他来讯，旧党当然以为得势，务望兄等继续进行，奋身苦战，不胜盼念之至。”胡适多年后念及此事，犹引以为恨：“独秀因此离去北大，以后中国共产党的创立及后来国中思想的左倾，《新青年》的分化，北大自由主义者的变弱，皆起于此夜之会。独秀在北大，颇受我与孟和的影响，故不致十分左倾。独秀离开北大之后，渐渐脱离自由主义者的立场，就更左倾了。”他认为蔡元培是“因‘头巾见解’和‘小报流言’而放逐了一个有主张的‘不羁之才’”。胡适不在其位，恐怕难以想象局势的危殆给蔡元培造成的巨大压力，同样也不能完全理解蔡元培尽力将北京大学与政治冲突剥离，以维持教育事业的一片苦心。五四运动后，蔡元培离京南下，并特撰《不肯再任北大校长的宣言》，展露了他当时内心的苦痛：
我绝对不能再作不自由的校长：思想自由，是世界大学的通例。……北京大学，向来受旧思想的拘束。……我进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较的有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品……用我的理想来批评，还算是半新的。……那知道旧的一方面，看了这点半新的，就算洪水猛兽一样了……于是教育部来干涉了，世界有这种不自由的大学么？还要我去充这种大学的校长么？
