总体讲，地方派系对国民党执政的不利影响不仅在于地方派系的贪污腐败与黑金化，严重影响国民党的执政形象，而且还在于国民党地方政权派系化，地方派系势力坐大后，凌驾于地方党部甚至党中央，在选举中常常不听从党的部署与安排，甚至党中央被迫迁就地方派系的要挟，严重削弱了国民党在地方的发展，不断失去地方执政权，并最终失去在台湾的执政权。