国民党下野后，李登辉也被迫离开国民党，但他没有停止宣扬“两国论”、打压反“台独”力量的活动，“台独”成为他的最高政治理想，成为他的生存基本要素。他本人和“台湾团结联盟（台联党）”在岛内兴风作浪，胡作非为，推出一个又一个“台独”提案，极力配合“顽固台独”的分裂活动。

　　李登辉顽固坚持“两国论”，反对一个中国原则，否认“九二共识”；全力推动“台湾正名运动”，图谋“废除中华民国国号”，使用“台湾共和国国号”，这是继续推动“台独”的新着力点。在陈水扁公开抛出“一边一国论”时，李登辉站在为之辩护的前列。

　　民进党和陈水扁为了扩大支持阵营，拉拢和分化泛蓝阵营，对“台独”进行伪装，推进“渐进式台独”。李登辉惟恐“台独”被人遗忘，高举“急独”旗帜和充当“急独”打手。这样既可以让“急独”不断发声，又能因其“急独”言行而减轻对“渐进式台独”的压力，创造出“渐进式台独”的“独味”似乎已经减少的环境，掩护“淡化、伪装台独”向前推展。

　　李登辉继续反对两岸“三通”，反对松绑“戒急用忍”。他声称开放“三通”会危害到“对国家主权的认同”，威胁到台湾的“政治安全”和“经济发展”。他危言耸听地称，台商投资大陆是“掏空了台湾经济”，造成台湾的“经济黑洞”，投资大陆的台商到时“哭哭啼啼回台湾”的时候就来不及了。李登辉还策动台联党上街示威，反对开放高端半导体产业项目投资大陆。可以说，李登辉和台联党已经成为“三通”的直接阻力。

　　李登辉还与台联党不断挑起族群矛盾和统独冲突。为扩大台联党的社会和政治基础，李登辉故伎重演，利用岛内存在的统独和族群矛盾，制造大陆“欺负”台湾、“外来政权”勾结大陆“联共卖台”、“外省人”欺负“本省人”的假象，煽动对大陆的敌意，煽动本省人联合起来反对外省人。

　　李登辉下台后的“台独”言行与作为，实质也是在向国民党内的李氏追随者招手，从理论和思想层面继续分化国民党。这是国民党在台几十年经营从中兴走向分裂、衰落甚至失去政权的重要原因。