当时，不少同志因为抵制“左”倾错误，受到残酷斗争，无情打击。有的被以莫须有的罪名撤职，开除党籍。在转移前，“左”倾错误领导者把这部分被打击的干部看作是“包袱”、“累赘”，想甩掉一批，杀掉一批。叶剑英在自己职权范围内尽最大努力，抵制了这种错误的做法。他亲自找这些同志谈话，深入群众中开展调查研究，深感其中的多数同志是对“左”倾错误领导不满，拥护毛泽东的好干部，有的人虽然犯过错误，但性质并不严重；有的则是编余干部。他认为，既不能把党的这些宝贵财富视为“包袱”，随意抛弃，更不能随意杀掉。

　　在党中央一再催促下，张国焘才于8月初来到毛儿盖。他一到，就向中央发难，反对北上。中共中央不得已，于8月4日至6日再次在毛儿盖附近的沙窝召开政治局会议，讨论中央红军和四方面军会合后的形势与任务，继续解决组织问题。

　　阎锡山为阻止红一方面军继续东进，集中14个旅，编为4个纵队，再次向石楼方面实施反击。蒋介石应阎锡山的请求，从3月上旬开始，先后派遣约10个师进入山西，同时命令西北军、东北军等部向陕甘革命根据地进攻。在这种情况下，红军左右两路军从南北两线向中路军靠拢，集中兵力准备歼灭敌人。

　　当时，蒋介石派到西安的特务、宪兵很多，特务活动尤其猖獗，张学良的一举一动都处于特务的严密监视之中。张学良对于叶剑英的到来非常重视，事先对安全保卫工作作了周密的布置，在生活方面也作了精细的安排，让叶剑英住在他的副官、卫队营长孙铭九的家里。

　　7月31日，叶剑英与蒋鼎文继续会晤，要他转告蒋介石，红军改编至8月上旬可以完毕。改编后的指挥机关，按照中共中央意见，朱德、彭德怀任正、副主任。不能以“改编红军”为名而不设指挥机关，由蒋直接指挥。会谈中，叶剑英得知南京国民政府军事委员会即将召开国防会议，蒋介石有邀请毛泽东、朱德赴会的意图，便以“万万火急”电报致中央书记处。

　　过了一会儿，萧华来了，徐向前问他，昨晚到哪里去了。萧华躲躲闪闪。徐向前生气地对萧华说：“你是胆小鬼!你怕什么?他们能把你吃掉吗?”他盛怒之下，拍了桌子，把茶杯盖子和碟子都摔了。这时，一直冷静沉默的叶剑英，面对江青的查问，也大声地说：“他昨天半夜里跑到我那里去了，是我把他收留下来的，如果有窝藏之罪，我来担当!”

　　叶剑英在信中认为，对林彪叛党叛国罪行，中央规定有计划有步骤地传达，这是对的。但是，从传达的效果来看，快比慢好，显比隐好，应当加快步伐，尽快传达到基层。这样似台风过后，万里无云，做到思想上充实提高，组织上调整巩固。

　　然而，树欲静，风不止。从“文化大革命”一开始就怀有不可告人目的的江青、康生、张春桥、姚文元等人，在林彪自我爆炸之后，竭力掩盖他们同林彪勾结的真相，把自己打扮成“反林英雄”。他们利用批林整风之机，网罗党羽，进一步发展帮派势力。

　　在“四人帮”的眼里，周恩来逝世之后，继续妨碍他们夺权的，也是他们最害怕的，还有两个代表人物：一个是代替周恩来主持中央日常工作、坚持实行“全面整顿”，纠正“文化大革命”错误的邓小平；另一个是主持中央军委日常工作、握有兵权的叶剑英。

　　粉碎“四人帮”的伟大胜利，结束了长达10年的“文化大革命”。从此，党和国家进入了一个新的历史发展时期。叶剑英作为党和国家的主要领导人之一，同中央政治局其他同志一起，领导全党彻底清算林彪、江青反革命集团的罪行，肃清其流毒影响，拨乱反正，实现党的正确领导，迅速恢复国民经济和科学文化教育事业，把中国社会主义建设推向前进。