“西安事变”爆发后，陈独秀在狱中闻讯大喜，以为蒋介石此番定“难逃活命”。然而，十多天后，陈独秀等在梦中被爆竹声惊醒，这一夜，南京城爆竹声通宵达旦，原来是市民庆祝蒋介石平安归来。他这才意识到，蒋介石还是有“群众基础”的。有人告诉他，这爆竹可能是警察下令放的，陈独秀则说“下命令放的，最多放个把小时，昨天放了一夜，能说是命令的作用吗？我看南京的人民是相当拥护他的。”（见濮清泉《我所知道的陈独秀》）当然，意识到这一点，令其时的陈独秀颇为沮丧。

　　1937年7月7日，“卢沟桥事件”爆发，日寇开始全面侵华。8月15日，日军飞机开始对南京进行大规模轰炸。有一天，炸弹落到了囚禁陈独秀的老虎桥监狱，陈独秀及时躲到床底才免受伤害。也就在这一天，原北京大学学生、时任金陵女子大学中文系主任的陈中凡先生来探望陈独秀，见此情景，陈中凡回去后即与正在南京参加会议的胡适和张伯苓（叶任南开大学校长）相商，谋求当局提前释放陈独秀。据陈中凡在《陈仲甫先生印象记》中说，当时国民党方面暗示陈独秀“只要本人具悔过书，立即释放”，陈独秀则愤怒地表示：“我宁愿炸死狱中，实无过可悔。”并声明“不要人保”，“附有任何条件，皆非所愿”。（转引自唐宝林等编《陈独秀年谱》）但陈独秀的友人们仍积极为其奔走，以胡适最为尽力。胡适其时刚被蒋介石委以重任，即以非官方身份赴欧美访问游说，揭露日军侵华暴行，同时争取各民主国家对中国的同情与支持，可谓受命于危难之时。出国在即的胡适致函其时在国民政府中握有重权的汪精卫，请汪与蒋商量，提前释放陈独秀。汪精卫于8月19日复函胡适，告知“已商蒋先生转司法院设法开释陈独秀先生矣”。8月21日，司法院便向国民政府主席林森呈递了“请将陈独秀减刑”的公文，国民政府当即批准。8月23日，陈独秀出狱，先住在傅斯年家，后因陈宅附近也屡遭空袭，又住进了陈中凡家。9月8日，胡适也离开南京，踏上了征程。顺便说一句，从陈独秀第二次被捕起，此后的每次入狱，胡适都积极参与了营救。

　　陈独秀出狱后的第一件事就是致函《申报》编辑部，为自己辩诬。原来，司法院在给国民政府的呈文中，有陈独秀“爱国情殷，盖深自悔悟”之语，《申报》发表了此呈文。陈独秀于8月25日致函《申报》道：“鄙人辛苦狱中，于今五载。兹读政府明令，谓我‘爱国情殷，深自悔悟’。爱国诚未敢自夸，悔悟则不知所指。------我本无罪，悔悟失其对象；罗织冤狱，悔悟应属他人。鄙人今日固不暇要求冤狱之赔偿，亦希望社会人士，尤其是新闻界勿加以难堪之污蔑也。”

　　不久，陈独秀离开南京到了武汉，1938年7月又到了四川，最终在四川江津定居。1942年5月27日夜，陈独秀在江津辞世。社会各界闻讯都发表悼念文字。陈独秀卧病和辞世期间，共收到各界人士捐赠的医药费和赙仪费法币33750元，其中包括蒋介石送来的10000元。也许是觉得不值一提，也许是因为正忙于“整风”，对陈独秀的死，延安方面保持了沉默。

　　如今，我常在沪宁线上行走。坐在火车上，我仿佛仍能听到陈独秀当年留下的鼾声。那一夜，在押送陈独秀的火车上，发出鼾声的一定不只陈独秀一人，但其他的声音都随风而去，独有陈独秀的鼾声至今仍清晰可闻。这鼾声告诉我，这个人尽管在政治信念和个人生活上都可挑出或大或小的毛病，但在胸怀坦荡上却少有人可与之相比。这是一个通体透明的人，一个不知阴谋诡计为何物的人，一个喜怒不屑于藏于心的人。这鼾声也在告诉我，什么叫大英雄，什么叫真豪杰。

　　2002年2月8日夜匆就