在日本人统治下的生活远谈不上愉快。但很多人逐渐相信征服者将留下来，一种屈服的情绪在这座城市蔓延开来。偶尔有一些地下的反抗——间或有人跑进坐满日本军官的戏院，扔一颗炸弹。但一般来说，这类造反是零星的和罕有的，大多数反抗日本人的敌意的表示是非暴力的，例如反对日本人的招贴、传单和在墙上的涂画。
南京的苦难终于在1945年的夏天结束了。1945年8月6日，美国在日本的第八大城市广岛
投下一颗未经试验的铀弹，第一天杀死了这座城市24．5万人中的10万人。但日本人并没有投降，美国在8月9日向日本的城市长崎投下第二颗原子弹，一颗钚弹。之后，不到一个星期，8月14日日本作出了投降的最后决定。 日本人在这个前中国都城一直逗留到日本投降那天才匆匆撤离。据目击者说，看到日本人喝得酩酊大醉或在街上哭泣。有人听到传闻说，当地居民强迫没有武装的日本人跪在路边并殴打他们。然而报复日本驻军的行为并不多见，因为在这个混乱的时候，很多中国人躲在家里，由于害怕万一日本战败的消息不是真的而不敢庆祝。撤离是迅速的，没有大规模的对日本士兵的迫害和关押。一个南京居民回忆说，日本投降以后她在家里待了好几个星期，而当她出来的时候，日本人已经走了。
