那些足够幸运逃脱了肉体折磨、日本人的医学试验和毒品诱惑的南京人，生活在军队恐吓的令人室息的环境中。日本当局设计了一种集体控制的方法，即用金字塔式的等级制度把人们组织起来。命令每十户指定一个头目，命令每十个这样的头目指定另一个头目，以此类推。在这个系统下，要求每一个南京人都持有登记卡，那上面有其十人，百人、干人头目签字证明其对新政权的忠诚。还要求每个人报告来到其户里的任何生人或未登记的人，他向十户头目报告，后者再向自己的直接领导者报告，如此逐级上报，直至消息到达市政府的区级官员。

　　这不是日本人的发明，而是传统的中国制度，叫作保甲制。无疑，日本人重新利用它来证明他们在南京的统治的合法性。

　　日本人经常检验这一保甲制度，有时释放没有通行证的人进城，看看他们是否能找到藏身之地。如果这些人没有在两个小时内被抓到或被告发，他们藏身地区的小组头目们会受到严厉的惩罚。委员会成员艾伯特·斯图尔特在他1939年的日记中写道：“这就是日本人维护人们对新政权的忠诚的方式。”

　　尽管经过战争、烈火和大屠杀，南京还是恢复了。令人恐惧的饥荒没有发生，不仅仅因为日本人最终允许食物运进城，也因为当地农民在日本部队离开南京去追剿内地的中国军队之后收获了冬小麦。在一年的时间里，富饶的长江三角洲地区大多数农业产量接近战前水平。这并不是说在日本占领时期南京没有食物匮乏之患。在城里，菜园和农田的收成都不好，因为日本人不仅抢走他们的蔬菜，还强迫农民开荒和把农产品运送给日本人享用。而且由于战争拖延，在南京的日本当局紧缩供应，严格控制必需品如煤和米的配给。不过没有证据表明南京的饥荒和营养不良比中国其他地区严重。其他城市如国民政府的新首都重庆在战争期间食物缺乏比南京严重得多。

　　虽然在日本人的统治下鸦片和海洛因的贩卖猖獗，但南京居民相对少病。占领之后城里的日本当局制定了严厉的政策，焚烧因病而亡者的尸体。他们还开始实行一项强制性的防疫计划，预防霍乱和伤寒，要求人们一年注射数次疫苗。中国卫生官员守候在街道和火车站给行人和进入这座城市的人注射疫苗。这在市民中引起了极大的不满，很多人害怕那些针会使他们丧命。西方传教士的孩子们仍然记得在火车站进入南京的中国人被命令浸泡消毒水——很多人认为这个要求很污辱人。(进入这个城市的西方人经常被喷洒来苏水。)

　　几年之内南京便从废墟中站了起来。1938年春天，人们开始冒险回到这个城市。有些人回来查看损失情况，有些人回来找工作，因为他们的钱已经花完，还有一些人看看情况是否足够安全，能把他们全家迂回。南京重建开始时，对劳动力的需求增长，很快地便把更多的人吸引回来，不久之后他们的妻子和孩子就参加到向南京迁移的人流中。在一年半的时间里人口翻了一番，从1938年3月的25万一30万人增至1939年12月的57．6万人以上。虽然尚未达到这个城市在1936年的100万人口的水平。到了1942年人口达到了最高点约70万，并在战争持续期间稳定在这一水平上。