远比人民受重税和没收财产盘剥更为触目惊心的是鸦片重新出现在南京城。在日本占领前，鸦片是地下麻醉剂，由贵族和商人在南京的秘密处所偷偷地吸，不会公开和厚颜无耻地在大街上出售，也不会明显地在年轻人面前展示。这座城市沧陷后，人们可以自由出入鸦片馆，不受警察的阻拦。这些鸦片馆大胆地用汉字招牌做鸦片广告，招牌上写着“官土”——鸦片的专用名词。

　　为了鼓励吸食毒品从而进一步奴役人民，日本人在南京惯常用毒品支付劳力和娼妓的费用。海洛因香烟甚至提供给小至10岁的孩子。金陵大学历史系教授迈纳·瑟尔·贝茨根据其研究下结论道：南京地区约5万人使用海洛因，占当时人口的八分之一。

　　很多被蹂躏的南京居民成了麻醉的牺牲品，因为毒品是他们用以逃避现实的手段，那怕只是暂时地逃避他们生活中的苦难。有些人甚至试图利用鸦片自杀，把它当毒药大量吞服。其他一些人则为满足毒瘾而走向犯罪，以致掠盗之风席卷南京。日本人利用犯罪活动猖獗来证明其占领的正当性，鼓吹日本帝国法律和秩序的必要。

　　日本雇主对待很多当地中国劳工还不如奴隶，常因稍有冒犯就杀害他们。后来，幸存者断言日本人蓄意制造严酷的工作环境和实施变化无常的惩罚，是为了使中国雇员处于持久的恐怖状态中。一个在日本人占据的工厂中做工的中国人描述了几个月中在那里亲眼目睹的恐怖事件。日本监工冤枉一个雇员偷了他的毛线衫，结果把那个工人从脚至咽喉用绳索捆得几乎像个木乃伊，然后用一堆砖头砸死。砸到最后，那人的身体全变了形，肉和骨头缠绕在一起，作为食物扔给了狗。另一次，日本人发现工厂里的4个小垫肩不见了并发现它们用来作了厕纸，一个22岁的妇女承认那天用过厕所，便被拖到工厂后面砍了头。就在那天下午，这个日本刽子手又杀了一名他指控偷了一双拖鞋的十几岁的少年。

　　日本人甚至用南京人做医学试验。1939年4月，他们在城里开设了一个机构，把人当作豚鼠来进行他们的研究，日本人把用作实验的人叫作“圆木”。——在离长江只有很短一段距离的中山东路，日本人把一所六层楼的中国医院改建成研究流行病的实验室，他们称之为“荣1644部队"。虽然这个实验室靠近一个军用机场、一个艺妓区、电影院和显眼的日本人中心，例如日本领事馆、军警处及侵华派遣军最高统帅的指挥部，它仍然是严密警戒之下的机密。院子周围是高高的砖墙，上面有带剌的铁丝网，实验室有警卫巡逻，工作人员被命令绝不允许在写回日本的信中提到荣1644。里面的科学家给中国俘虏注射或喂食各种各样的毒药、细菌和致人死命的气体；这些物质包括丙酮、硝酸盐氰化物、亚硝酸盐氰化物和蛇毒，比如眼镜蛇、竹叶青蛇的毒液。日本科学家以这种方式每周杀死10个或更多的中国人，并用荣1644的焚化炉处置他们的尸体。 1945年8月日本投降时，荣1644的职员毁了他们的仪器和资料，炸了实验室，并在中国部队到达南京之前逃跑了。我们知道这个秘密实验室的情况仅仅因为那个部队的一些科学家在战后向美国审问者供认了他们的活动。