南京的暴行持续了数月，尽管最惨烈的事件是集中在前六至八个星期。到1938年春，南京人知道大屠杀过去了，而且他们知道如果他们能被征服，就不需要把他们全部杀死。当南京屈从于日本人的统治时，军队开始执行征服全体南京人民的措施。
起初，没有什么可征服的，一个外国人写道：“你难以想象这座城市的杂乱无章，各处倒满了污物和垃圾。”废物和人肉在大街上腐烂，因为没有日本人的允许，什么也不许干—
—甚至不许处理垃圾和死尸。确实，有几天军车碾过在水西门下面的几英尺的死尸，碾过死尸是为了使平民牢记抵抗日本人的可怕后果。 据观察家估计，日本人损坏的公共财产按1939年的美元计算，总共约8．36亿美元，而私人财产损失至少1·36亿美元。这些数字还不包括被日本军队拿走的无可替代的文物的价值。
在社会学家刘易斯·斯迈思的指挥下，国际安全区委员会对南京地区的损失进行了一项系统调查。调查员们走访了市区五十分之一户的居民和农村三分之一的村庄中十分之一的家庭。一份60页的报告在1938年6月公布，斯迈思总结道：南京经受的120次空袭和4天的围攻所造成的破坏只有日本军队进城后的百分一。
大部分的破坏由纵火引起。南京一陷落就陷入大火之中，大火持续了6个多星期。⑤士兵在军官的指挥下点燃建筑物，甚至使用了特殊的化学条去引火。⑥他们烧毁了教堂、大使馆、百货商店、店铺、公寓大楼和棚屋——甚至烧毁安全区内的区域。安全区的领导们无法将火扑灭因为他们的水泵和灭火器材都已被日本人偷走。在南京暴行的最初几个星期结束时，日军已将整个城市的三分之一和所有商店的四分之三烧成了灰烬。
他们焚毁了俄国(指前苏联。--译注)公使馆，污辱美国使馆。洗劫了几乎所有外国人的寓所——即使它们带有明显的标志，插有国旗或有徽章。日本人对美国的财产特意污辱，他们6次扯下悬挂在金陵大学的美国国旗并践踏它，威胁说谁胆敢再把旗子挂起来就杀了谁。尽管纳粹与日本政府是同盟关系，德国财产的命运却几乎与美国的一样糟。日本人扯下纳粹旗帜，焚烧德国人的住所、店铺，甚至偷走希特勒和兴登堡的画像。一个德国人写道：“考虑到日本人对其天皇画像的崇拜”，这是一个“值得注意”的行动。日本人对南京的劫掠远远超出了城区，日本人破坏了南京周围的农村，烧毁茅草房，将家具、工具和农具集中到砖房，以便所有的东西一起烧成灰烬，他们就这样烧毁整个村庄。城市附近地区所有的牲畜包括家畜和其他畜类均被抢光。
