为了掩盖其军队令人厌恶的暴行详情，日本甚至阻止他国外交官重返南京。然而，最终证明他们未能成功地掩盖事实，尤其瞒不过德国人和美国人。 关于南京暴行的外国情报希特勒政府迅速得知日本人这种拖延的动机。一名德国外交官于1月份向柏林汇报：“我在上一份报告中所作的推测已被证实，日本人耽误我们返回是为了不让任何官员目睹种种暴行。根据在那里的德国人和美国人所说，外国代表返回南京的意图一经传出，那里便进行了一通紧张狂乱的清理，以消除滥杀平民、妇女和儿童的证据。”

　　美国政府也知道日本人试图遮掩什么。虽然一套机械密码保护了日本外交部的高层外交信息，但到1936年，美军信号情报部的密码专家已破译了日本这套密码，美国人将其称之为“红色”。因此在南京暴行期间，美国情报部门能够截取东京的日本领导层与其在华盛顿的代表之间的秘密通信。1937年12月26日，日本外相广田弘毅传送了一份这类信息给在华盛顿的日本大使斋藤，它强调要阻拦美国外交人员，不让他们马上返回南京。这条信息说：“如果他们确实返回并从其侨民那里得到关于军队行为的报告，如果外交官一收到这类抱怨，就把这些报告呈送回国，我们将发现自身陷于极其不利的地位。”因此，我们认为，最好的办法是尽我们最大的努力尽可能长时间地把他们拖住。即使这会引起某些恶感，我们相信这也好过冒当场冲突的危险。” 然而，当时美国政府并未将其所知公布于众，并甚至帮日本人审查真相。例如，环球公司的新闻短片制作人诺曼·艾利拍摄了长达5300英尺的日本人袭击帕奈号的影片，但在影院放映之前，罗斯福总统要求他剪去约30英尺的片子。这部分片子揭露日本轰炸机几乎贴着甲板向炮艇射击。这30英尺也许是全部片子中的最佳图像，而且无疑是对日本政府最有力的谴责，尽管如此，艾利同意删剪。《帕奈号事件》的作者汉密尔顿·达比·佩里认为，罗斯福要为日本的借口提供凭证：这次袭击是因为错误辨认，而不是故意策划。无疑，美国政府急于和日本达成经济与外交上的协议以平息这次轰炸事件，而它知道那30英尺的片子会使这样一种和解成为不可能。日本的宣传日本影响舆论的企图不是什么新鲜事。

　　甚至在南京暴行之前，美国情报界就已看到日本标以“绝密”的计划；要在美国大做亲日宣传。日本政府还有一大笔预算，用以争取有影响的报人，在主要报章和电台上作广告，以及印刷传单和小册子。 然而，在南京暴行期间，日本人面对一场如此巨大的、公共关系上的灾难，他们还试图加以掩盖，这在今天看来几近荒谬，日本人不是采取纪律措施约束其在南京的部队，而是统领其所有的力量发动一场宣传战，希望以某种方法把世界历史中一场最血腥的大屠杀的详情遮掩起来。