学校迁武汉历时3月，教育部即于12月25日通知国立药学专科学校，“以敌军深入，势将危及武汉，着即日迁渝开学，以免学业中辍，并着令陆军卫生材料厂合作利用川省土产制备急需药品以利长期抗战”，于是，该在武汉举行临时考试后，公文、校具等装箱启运，各项手续结束后全体员生遂于1938年1月12日分批西上。因客运拥挤须在宜昌万县停留，故迟至2月10日除少数学生拟候差轮停滞中途外，均抵达重庆职校，借用四川省立教育学院部分校舍，于2月2日正式开学，并与陆军卫生材料厂合作，落实学生分批前往实习。

　　1939年秋，四川省立教育学院将校舍收回，药学专科学校开学在即，便急租瓷器口黄葛坪一号民房，作临时授课之用。当时，鉴于“一年合同行将期满，续租每月租金五百元过高，且瓷镇日渐繁荣，工厂林立，几成军事重镇空袭之虞，在所难免，本校既永久留川，自应建筑校舍，因提出第24次校务会议讨论，结果咸以疏散固有必要，但永久校舍与临时校舍，性质不同，距离大学区过远，参考书籍之借用，兼任教员之聘请，行将永感困难，为目前计，时间经济亦均不许可，因议决迁附近江北县地带，现已在该县石马乡觅得相当地点，计四十亩，环山依水，竹木丛生，可资空袭之掩护，且交通便利”，中国第二历史档案馆档案，全5，卷5287。因而于暑假期中兴建校舍，秋季开课。

　　武汉地区的高校内迁。1938年初，武汉的大学还没有迁移。1938年2月21日，武昌中华大学还准时开课。北平的朝阳学院也在湖北沙市恢复。随着日军侵略的深入，武汉的大学也开始了搬迁。1938年4月31日，在校长王星拱的率领下，武汉大学被迫举校西迁至四川乐山。武汉大学发端于1893年张之洞创办的自强学堂，1912年发展为国立武昌高师，1924年更名为国立武昌中山大学，1928年7月改建为国立武汉大学。战时，该校在极其困难的情况下度过了8年。1946年10月，武汉大学回到武昌珞珈山。

　　1938年6月，武昌中华大学决定迁宜昌三斗坪，华中大学决定迁桂林，后迁西南。1939年春，武昌中华大学迁重庆南岸觉林寺旁。1941年11月3日，已经迁川的朝阳学院自成都再迁巴县兴隆场。

　　这一时期迁川的高校还有山东大学、东北大学、牙医专科学校、清华大学航空研究所、东吴大学法学院、中央工业职业学校、戏剧学校、光华大学成都分部、朝阳学院、山东医学专科学校、中央政治学校、复旦大学、蒙藏学校、北平师范大学劳作专修科、江苏省立蚕丝专科学校、武昌文华图书馆学专科学校、两江女子体育专科学校、齐鲁大学、江苏医政学院、南通学院医科、铭贤学校、南开大学经济研究所、武昌艺术专科学校、吴淞商船学校、国立音乐院、中央国术馆体育专科学校。国民政府教育部档案：《全国专科以上学校内迁及其分布统计表》，1941年。中国第二历史档案馆藏。