傅崇碧将军晚年回忆说：“我也不能讲是聂帅要我加强警戒，保护他们的。我就打了周总理的旗号，也打了毛主席的旗号……毛主席给我说过，不能叫知识分子‘臭老九’，还说：‘老九不能走’。就是这样讲的。”

　　傅崇碧就这样把江青顶了回去。后来他把情况报给周总理。周总理旗帜鲜明地说：“聂老总的做法对！”

　　正是由于周恩来、父亲和傅崇碧等人采取了这个严密的措施，那些科学家才顺利地度过了文革初期最混乱的岁月。

　　没过多久，应用地球物理研究所一批与核试验有关的绝密资料，被造反派装上汽车拉走了！傅崇碧问研究人员，得知这些资料非常重要，他立即向父亲作了汇报，父亲一听，急了，他斩钉截铁地说：“要千方百计想尽一切办法把材料搞回来！”

　　傅崇碧也向周总理作了报告，总理也是这个态度。于是，傅崇碧指派副司令员刘光甫具体负责，组织了100多人，连夜分乘10多辆汽车四处去追讨，自己在家坐镇指挥。

　　傅崇碧后来说：“这中间，聂老帅几乎是每过一个小时打次电话，问：材料追回来了没有？他都没有睡觉，不停地过问这个事情。我说还没有，还没有音讯。一晚上他就问了4次，亲自打电话，最后快到天明了，把这些材料追回来了，给他报告了，他很高兴。说：这些材料无论如何要严格封闭起来，不能让造反派乱动。”

　　事后人们才知道，那是一批决定着中国科研事业命运的宝贵资料。全部追回来后，父亲才放心，并亲自给周总理打电话作了汇报。

　　傅崇碧说：“没有总理、聂帅，老实讲，这些搞原子弹，搞导弹的专家，没有人保护，很危险。只要总理、聂帅讲要保护，我们坚决执行。不管你江青，还是“文革”小组的王（力）、关（锋）、戚（本禹），怎么捣乱也不成。你江青、文革小组这些人，没有在党里干过什么事，我们不能马马虎虎听你的，虽然不敢反对，你讲了我可以听，但不执行，拖，还是按聂帅、总理讲的办，对这些人进行保护……正因为如此，‘四人帮’在文化大革命中一直没有放过聂帅，为什么？因为他保护‘臭老九’，保护这些知识分子。”

　　动乱发生后，各地的国防工厂纷纷告急。这些工厂有的十分重要，关系到国家的重大利益，必须保护好，否则一出问题就是大问题，就难以收拾。

　　父亲平时最担心的，除了科学家们，就是那些事关国家命运的国防工厂。

　　最早出现问题的国防机密工厂，是设在青海省西宁市的221厂。前面已经讲过，由于父亲的立机立断，经请示周总理后，这才平息了该厂的内乱。

　　接着，兰州的国防工厂也告急。七机部两派之间的武斗不断升级，各国防研究院、工厂与国防科研协作关系密切的中国科学院的某些研究单位，也都纷纷告急。

　　那段时间，每天都有告急的电话打到父亲那里。父亲意识到，任其乱下去，如不采取断然措施，国家将会蒙受重大损失，因为那些国防工厂、科研单位不是一般的单位，一般的工厂受到冲击，顶多停产，而这些单位事关国家机密，有的还对社会安全构成隐患，如果大乱，局面肯定会难以收拾。

　　忧心如焚的父亲想到了一个办法。3月11日，他向毛泽东、林彪、周恩来等中央常委、中央军委、中央“文革”小组送上了《关于军事接管和调整改组国防科研机构的报告》，报告中说：现在国防工业部的各研究院和中国科学院承担国防科研任务的各研究所，大多瘫痪，研究工作停顿，三线建设问题很多。这种状况十分不利，必须迅速改变。建议将二机部九院、三机部六院、五机部机械研究所、四机部十院、六机部七院、七机部、中国科学院新技术局所属各单位，由国防科委军事接管，以恢复科研和生产工作。

　　据父亲的秘书们回忆，报告送上去后，父亲寝食不安，就怕万一给打回来，他若再想保护国防科研单位和工厂，就无能为力了。

　　10天之后，毛泽东批示：“退总理照办。”

　　周恩来把毛泽东的批示发给父亲，父亲心中大喜，10天来的忧虑，终于有了结果。他立即组织国防科委落实。他在对参加军管的人员讲话时，明确提出：“国防机密工厂不搞夺权，群众组织不得监督单位领导人的工作，所有接管的单位，要尽快着手组建党委，使他们自身走上正轨，以便撤出军管人员。”

　　不久，被军管的各单位形势一度好转。父亲终于松了口气。他想趁热打铁，在7月15日的军委常委会议上，他又提议把军事接管的单位，组成18个研究院，以便开展国防科研工作。9月20日，这个提议在经过周恩来主持的国务院业务组会议讨论后，正式形成了《聂荣臻同志关于国防科研体制调整改组方案的报告》，上报毛泽东、林彪、周恩来、中央常委、国务院、中央军委、中央文革小组审批。